Ingénieur Bio-informaticien

Les missions du poste

Mission:

L’ingénieur en Bio-informatique exerce ses missions au sein de la plateforme de génomique fonctionnelle et structurale (GO@L-GFS) hébergée au Centre de Biologie Pathologie du CHU de Lille. qui participe à des missions de transfert vers le soin et de développement de l’activité de séquençage à visée de recherche et/ou de diagnostique,

Il développe des activités de bio-informatique orientées vers les applications d’oncologie et plus particulièrement dans le domaine des données de single-cell. Il analyse les données brutes générées par les séquenceurs, évalue et implémente les logiciels dédiés à l’analyse de données issues de séquenceur permettant leur interprétation. Il collabore avec les médecins, biologistes, ingénieurs et techniciens dans la génération, l’analyse et l’interprétation des données de single-cell RNA-seq.

Tâches:

• Développer des activités de bioinformatique orientées vers les applications d’oncologie et plus particulièrement dans le domaine des données de single-cell (séquençage single-cell : 5’RNA-seq, 3’RNA-seq, BCR, TCR, CITE-seq ; RNA-seq, LR-RNA-seq).
• Assurer et organiser la veille scientifique et technologique dans le domaine de la bioinformatique appliquée à l’oncologie (identifier les bases de données de référence, mettre à jour les bases de données, identifier les algorithmes d’analyse).
• Orienter et conseiller les collaborateurs pour la mise en œuvre des méthodes d’études et d’interprétation des résultats.
• Former en interne aux principes et à la mise œuvre des techniques de l’analyse des données de single-cell.
• Analyser les données brutes générées par les séquenceurs. Évaluation et implémentation de logiciels dédiés à l’analyse de données issues de séquenceur et permettant leur interprétation.
• Collaborer avec les médecins, biologistes, ingénieurs et techniciens dans la génération, l’analyse et l’interprétation des données de single-cell RNA-seq.

Ce poste est à pourvoir dans la ville de Lille.

Vous disposez d'un diplôme Bac+5 minimum en Bio-informatique ainsi que des connaissances approfondies dans le domaine (Analyse de données single-cell).

Vous maitrisez les langages R et Python ainsi que l'environnement LINUX.

Vous disposez de connaissance relatives au génome humain et de son annotation ainsi que des mécanismes de remaniement génétique.

Maitrise de la langue anglaise niveau B2 et C1.

Capacité de travail en autonomie, esprit d'équipe, capacité à communiquer, convaincre, rigueur scientifique.