Postée il y a 7 jours
Au cours de cette mission vous participerez à l'analyse bioinformatique de la dynamique du génome dans des plantes soumises à des stress environnementaux pour mieux comprendre l'adaptation des plantes au changement climatique.
Sous la responsabilité de Marie Mirouze, directrice de recherche à l'IRD, et en collaboration avec Marie-Christine Carpentier, IE CNRS, vos activités seront les suivantes :
Vous serez en charge de la caractérisation de l'ADN extrachromosomique (ADNecc) à partir de données de séquençage Nanopore dans des plantes d'Arabidopsis soumises à des stress abiotiques, dans le cadre d'un projet ANR international "CropCircle".
Vous serez en charge de la caractérisation des variants structuraux (SV) dans ces mêmes plantes à partir de données ProméthION Nanopore.
Vous participerez à l'assemblage de génomes de riz et de hêtre à partir de données ProméthION Nanopore.
Vous contribuerez à améliorer des outils et pipelines dédiés à l'analyse et à l'assemblage des ADNecc et des SV.
Votre future équipe
L'EMR MANGO travaille sur plusieurs modèles végétaux (Arabidopsis, hêtre, riz, inule) et se caractérise par le développement de protocoles adaptés à l'utilisation des lectures longues Nanopore pour la génomique et la transcriptomique ainsi que le développement d'outils bioinformatiques dédiés. L'équipe est financée par des projets ANR ainsi que par le Labex TULIP. La recherche de l'équipe s'inscrit dans le Science de la Durabilité avec des projets sur l'impact du changement climatique que ce soit dans des rizières au Mali ou dans les forêts en Méditerranée.