Postée il y a 24 heures
Implémenter des outils matériels, informatiques et analytiques pour l'acquisition et l'exploitation de données dans le cadre d'un projet de recherches en Neurosciences sur le contrôle nerveux des mouvements, chez la souris.
Activités
ACTIVITES PRINCIPALES
- Participer à l'implémentation d'outils d'acquisition en 3D du mouvement des animaux par "motion capture" lors de déplacements spontanés ou évoqués par stimulation de zones cérébrales précises.
- Optimiser et ajouter de nouvelles fonctionnalités, en concertation avec les expérimentateurs, au pipeline existant d'analyse des données issues des enregistrements en "motion capture", permettant de reconstruire le squelette de l'animal
- Extraire des enregistrements en "motion capture" des métriques biomécaniques pertinentes liées aux mouvements des membres, du tronc et de la tête.
- Établir des modèles biomécaniques des changements de trajectoires chez les quadrupèdes.
ACTIVITES SECONDAIRES
- Procéder à des classifications supervisées et non-supervisées des différents types de comportements exprimés par l'animal, en utilisant et optimisant des pipelines existantes (Key-point MoSeq notamment).
- Participer à l'implémentation, et assurer la maintenance et le dépannage, d'outils d'acquisition d'autres types de signaux dans le laboratoire à l’aide d’un logiciel de programmation réactive visuelle (Bonsai).
- Mettre en place des boucles fermées pour le pilotage de certains instruments de mesure.
- Assurer un support à l’équipe en bio-ingénierie et informatique scientifique.
- Formation des autres membres de l'équipe aux outils analytiques et de programmation.
Compétences
Nous recherchons une personne avec un intérêt pour le développement et l’optimisation d'outils expérimentaux et analytiques en neuroscience et possédant les compétences suivantes:
- Connaître le principe de l'acquisition de données en "motion capture
- Avoir des connaissances sur le mouvement, la motricité, la biomécanique (la robotique et la modélisation seront un atout).
- Connaitre les techniques de traitement d’image, traitement du signal, de mathématiques et informatique appliquées, de bioingénierie, d’optique, de microscopie, machine vision.
- maîtrise des langages de programmation (principalement Python & Matlab).
- Connaître les plateformes de dissémination des codes informatiques (Github notamment)
- Aisance avec les outils informatiques en général (Windows ou Linux,…)
- Des connaissances en électronique, mécanique, impression 3D seront un atout.
- Langue anglaise niveau B2 à B1 (cadre européen commun de référence pour les langues)
- Anticiper les évolutions fonctionnelles et techniques
- Animer une réunion, maitriser les techniques de présentations orales et écrites
- Avoir le sens de la pédagogie
- Appliquer les règles d’hygiène et de sécurité
Une formation de niveau Master 2 est attendue, incluant notamment une ou plusieurs des spécialités suivantes : traitement d’image, traitement du signal, mathématiques et informatique appliquées, bioingénierie, optique, microscopie, machine vision, ou une expérience avérée dans ces domaines.
Contexte de travail
Le.la candidat.e rejoindra l'équipe dirigée par Julien Bouvier, circuits neuronaux et contrôle moteur, (https://neuropsi.cnrs.fr/departements/icn/equipe-julien-bouvier/), composée d’un directeur de recherche, d’une ingénieure d’études, d’un assistant ingénieur, de 3 postdoctorants, de deux étudiants en thèse et de plusieurs étudiants en licence et master. Au sein de l’institut, il.elle pourra interagir avec une équipe spécialisée dans l’analyse de données.
L'Institut des Neurosciences Paris-saclay (Neuro-PSI) est implanté sur le site du CEA à Saclay et regroupe 21 équipes de recherche, des plateformes et services techniques permettant l'étude du fonctionnement cérébral chez plusieurs modèles animaux à tous les niveaux.
L'accès au site CEA est desservi par un service de bus à partir du RER le guichet et Massy.
Le.la candidat.e rejoindra l'équipe dirigée par Julien Bouvier, circuits neuronaux et contrôle moteur, (https://neuropsi.cnrs.fr/departements/icn/equipe-julien-bouvier/), composée d’un directeur de recherche, d’une ingénieure d’études, d’un assistant ingénieur, de 3 postdoctorants, de deux étudiants en thèse et de plusieurs étudiants en licence et master. Au sein de l’institut, il.elle pourra interagir avec une équipe spécialisée dans l’analyse de données.
L'Institut des Neurosciences Paris-saclay (Neuro-PSI) est implanté sur le site du CEA à Saclay et regroupe 21 équipes de recherche, des plateformes et services techniques permettant l'étude du fonctionnement cérébral chez plusieurs modèles animaux à tous les niveaux.
L'accès au site CEA est desservi par un service de bus à partir du RER le guichet et Massy.
Contraintes et risques
Beaucoup de travail à l’ordinateur.
Certaines tâches se feront dans une zone hébergeant des souris (allergènes).
Beaucoup de travail à l’ordinateur.
Certaines tâches se feront dans une zone hébergeant des souris (allergènes).