Postée il y a 24 heures
Le post-doctorant recruté aura pour mission de :
- De tester la co-introduction de ces deux espèces en s'appuyant sur les données génomiques du projet et celles disponibles pour des maïs et haricots européens et américains (populations sources) et de mettre en oeuvre des approches de génomique du paysage en Europe (géographie de la diversité génétique).
- De combiner les entretiens avec des agriculteurs, des données génomiques et phénotypiques obtenues sur des variétés locales de maïs et de haricot de Transylvanie pour étudier la structuration diversité génétique des variétés de ferme (in situ). L'une des questions ici sera de s'interroger sur la façon dont les trois communautés humaines présentes en Transylvanie structurent cette diversité.
- De réaliser des analyses de scan génomiques sur ces variétés locales de maïs et haricot afin d'identifier des locus ciblés par la sélection, et de détecter potentiellement des sélections différentielles entre communautés liés à des différences d'usage et de préférence. Ces analyses devront être réalisées séparément pour les fractions du génome issues des pools andins et mésoaméricains.
Activités
Analyse de données génomiques des haricots et des maïs co-cultivés en Europe et étude de leur structuration génomique dans le cadre du projet INCREASE.
Compétences
Le candidat devra posséder un doctorat en génomique évolutive, incluant une expérience en génétique quantitative (analyses de phénotypes). Une solide expérience en statistiques/biostatistiques, en programmation sous R, en gestion de grands jeux de données, en visualisation des données. Une connaissance préalable du haricot commun et/ou du maïs sera un fort atout.
Contexte de travail
Les associations de cultures présentent de nombreux avantages aux monocultures. Ces avantages reposent sur les synergies entre espèces cultivées, qui résultent de la complémentarité entre espèces, du partage des ressources et des processus de facilitation. Parmi les bénéfices, on peut citer une plus grande robustesse face aux perturbations climatiques et biotiques, une meilleure optimisation de l'utilisation des ressources, ainsi qu'une compétitivité accrue réduisant le besoin en herbicides.
Dans le cadre du projet européen INCREASE [1], nous nous intéressons à l'association maïs-haricot. Le maïs est une plante allogame domestiquée il y a environ 9 000 ans au Mexique. La diffusion des variétés traditionnelles de maïs sur le continent américain a suivi deux grandes expansions, vers le nord et vers le sud depuis le Mexique. De manière similaire, deux introductions indépendantes ont été décrites en Europe : l'une depuis les États-Unis vers l'Europe du Nord, et l'autre depuis les Caraïbes ou l'Amérique du Nord/Sud vers le sud de l'Espagne [2]. La culture des variétés paysannes de maïs est encore largement répandue au Mexique, et une étude a mis en évidence comment la structure ethnolinguistique influence leur différenciation génétique et morphologique [3]. Le haricot commun est une plante autogame dont la forme sauvage est également originaire du Mexique. Cependant, des migrations et des adaptations ultérieures en Amérique du Sud ont conduit à l'émergence de deux principaux pools génétiques géographiquement distincts et partiellement isolés : le pool mésoaméricain et le pool andin. Des événements de domestication indépendants ont eu lieu dans ces deux pools il y a environ 8 000 ans. Les deux pools domestiqués ont ensuite été introduits en Europe et s'y sont rapidement diffusés [4]. Dans le cas du maïs comme du haricot, les hybridations et introgressions ayant eu lieu entre les groupes génétiques introduits en Europe ont contribué à générer de nouvelles combinaisons allélique intéressantes, conférant une meilleure capacité d'adaptation aux stress environnementaux, aux maladies et aux insectes.
Les deux cultures sont associées depuis des milliers d'années dans le cadre de la milpa [5] au Mexique. Dans ce système, le maïs sert de tuteur au haricot. Au-delà du rôle physique du maïs dans la croissance du haricot, cette association a probablement émergé pour plusieurs raisons, notamment la complémentarité des systèmes racinaires, une meilleure nutrition en azote et en phosphore, une compétitivité accrue incluant le contrôle des adventices, ainsi qu'une réduction de l'incidence des maladies. Cette association a été maintenue dans les systèmes agricoles traditionnels européens après l'introduction des deux cultures sur l'Ancien Continent. La question de leur introduction versus co-introduction en Europe reste ouverte [5]. L'association a par la suite progressivement été abandonnée avec l'essor de l'agriculture moderne. Elle est néanmoins encore pratiquée dans certaines régions comme la Transylvanie. L'objectif du projet est de s'intéresser aux scénarios d'introduction de ces espèces en Europe, et à la façon dont les communautés ethnolinguistiques humaines présentes en Transylvanie (saxes, roumains, hongrois) ont géré les ressources génétiques du maïs et du haricot. Ces résultats seront par la suite comparés à des données de conservation ex-situ des variétés.
Contraintes et risques
NC